La Fondation est dotée d'un Conseil d'Administration, son principal organe exécutif.
Le Conseil d'administration est formé de représentants des États membres du Partenariat euroméditerranéen et comprend, pendant la première période de trois ans, les membres du Comité Euromed. Passée cette période initiale de trois ans, on pourra réviser le nombre de membres du Conseil d'administration et la durée de leur mandat.
Le Conseil d'administration a pour fonctions principales de fixer les lignes générales de travail de la Fondation et ses priorités opérationnelles, d'adopter le programme triennal, le plan d'activités et le budget annuel. Il devra aussi approuver le rapport financier annuel, établir les normes de procédé et les critères de contrôle et d'audit des projets.
Le Comité Consultatif
Le Comité consultatif est formé de 12 membres (6 appartiennent à des pays de l'UE et 6 autres à des pays méditerranéens qui font partie du Partenariat), ils sont élus d'après leur trajectoire dans le domaine du dialogue interculturel et de leur indépendance gouvernementale ou de leurs intérêts financiers privés. Les membres du Comité consultatif sont sélectionnés par le Conseil d'administration sur la base des propositions des États membres du Partenariat euroméditerranéen, en essayant de garantir une représentation équilibrée entre les secteurs publics et privés et l'égalité de sexe.
Le Comité consultatif a des fonctions consultatives. Il est consulté par le directeur exécutif pour l'élaboration du Programme triennal, pour la proposition du budget et sur d'autres thèmes relatifs à la qualité du travail de la Fondation.
Le directeur exécutif est le représentant légal de la Fondation, il est élu par le Conseil d'administration parmi les candidats proposés par la Commission européenne. Son mandat est de trois ans et peut être prolongé d'encore trois ans.
Le directeur exécutif représente la Fondation dans les relations externes et maintient un contact permanent avec les réseaux étatiques. Le directeur exécutif a la responsabilité d'établir une proposition de programme triennal, un plan d'activités et le budget annuel. Après leur approbation, il assure leur mise en application. Le directeur exécutif a d'autres fonctions telles que diriger le personnel de la Fondation, présenter le rapport financier annuel et assurer la transparence dans les procédés de la Fondation.
Le directeur exécutif actuel: Dr. Traugott Schoefthaler
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