La Fundación está dotada de un Consejo de Administración, su principal órgano ejecutivo.
El Consejo de Administración está formado por representantes de los Estados miembros del Partenariado Euro mediterráneo, y consta, durante el primer período de tres años, de los miembros del Comité Euromed. Tras el período inicial de tres años, se podrá revisar el nombre de miembros del Consejo de Administración y la duración de su mandato.
Las principales funciones del Consejo Administrativo son fijar las líneas generales de trabajo de la Fundación y sus prioridades operacionales, adoptar el programa trienal, el plan de actividades y el presupuesto anual. Así mismo, aprobar el informe financiero anual, establecer las normas de procedimiento y los criterios de control y auditoria de los proyectos.
Comité científico
El Comité Científico está formado por 12 miembros (6 de países de la UE y 6 de países Mediterráneos que forman parte del Partenariado), elegidos en base a su trayectoria en el campo del diálogo intercultural y a su independencia gubernamental e intereses financieros privados. Los miembros del Comité Científico están seleccionados por el Consejo de Administración, en base a las propuestas de los Estados miembros del Partenariado Euro mediterráneo, intentando garantizar una representación equilibrada de los sectores público y privado e igualdad de género.
El Comité Científico tiene funciones consultivas; es consultado por el Director Ejecutivo para la elaboración del Programa trienal, la propuesta de presupuesto y en otros temas relacionados con la calidad del trabajo de la Fundación.
Director Ejecutivo es el representante legal de la Fundación y es elegido por el Consejo de Administración entre los candidatos propuestos por la Comisión Europea. Su mandato es de tres años, prorrogable a tres años más.
El Director Ejecutivo representa la Fundación en las relaciones externas y mantiene contacto permanente con las redes estatales. El Director Ejecutivo es responsable de establecer una propuesta de Programa trienal, Plan de actividades y presupuesto anual y con posterioridad a la aprobación, asegura su implementación. Otras funciones del Director Ejecutivo son dirigir el personal de la Fundación, presentar el Informe financiero anual y asegurar la transparencia en los procedimientos de la Fundación.
Director Ejecutivo actual: Dr. Traugott Schoefthaler