La primera Conferencia Euromediterránea (Barcelona, noviembre de 1995), marcó el inicio del Partenariado Euromediterráneo (Proceso de Barcelona), un amplio marco de relaciones políticas, económicas y sociales entre los estados miembros de la Unión Europea y los países socios del Mediterráneo.
En la Declaración de Barcelona aprobada en 1995, los socios euromediterráneos establecieron los tres principales objetivos del Partenariado: en primer lugar, la colaboración política y de seguridad con la definición de un espacio común de paz y estabilidad; en segundo lugar, la colaboración económica y financiera a partir de la creación de una zona de prosperidad compartida; y, por último, la colaboración en los ámbitos social, cultural y humano a partir del desarrollo de los recursos humanos, fomento de la comprensión entre las culturas y de los intercambios entre las sociedades civiles.
Se reconocía así que las tradiciones de cultura y civilización del Mediterráneo, el diálogo entre estas culturas y los intercambios humanos, científicos y tecnológicos son un factor esencial para el acercamiento y la comprensión entre sus pueblos y para la mejora de su percepción recíproca.
El tercer aspecto de la Declaración de Barcelona fue especialmente significativo para la ministra sueca de Asuntos Exteriores, Anna Lindh, que promovió la idea de crear una fundación euromediterránea. Desafortunadamente, Anna Lindh no pudo ver cumplida la realización de su idea. Durante la reunión del Comité Euromediterráneo celebrada en Dublín en mayo de 2004 y a propuesta del gobierno egipcio, la Fundación recibió el nombre de la ministra sueca asesinada. Al mismo tiempo, se decidió la ubicación de la sede central de la Fundación en Egipto, acogida por la Biblioteca Alejandrina i el Instituto Sueco de Alejandría.
Dos años después de la aprobación de la creación de la Fundación, los ministros de Asuntos Exteriores de los 25 países de la UE y los 10 socios del Partenariado adoptaron en La Haya, en noviembre de 2004, los estatutos de la nueva institución. Tras su nombramiento, a finales del mes de noviembre de 2004, el Dr. Traugott Schoefthaler ocupó el cargo de director ejecutivo de la Fundación en Alejandría.
La Fundación fue inaugurada formalmente en Alejandría el pasado mes de abril de 2005; el programa de apertura oficial de la Fundación incluyó actividades culturales y de debate, un festival de música y el primer encuentro de las 35 redes euromediterráneas de la Fundación.