La Fundació es dota d’un Consell d’Administració, el seu principal òrgan executiu.
El Consell d'Administració està format per representants dels Estats membres del Partenariat Euromediterrani, i consta, durant el primer període (de tres anys), dels membres del Comitè Euromed. Després del període inicial de tres anys, es podrà revisar el nombre de membres del Consell d'Administració i la durada del seu mandat.
Les principals funcions del Consell Administratiu són fixar les línies generals de treball de la Fundació i les seves prioritats operacionals, adoptar el programa triennal, el pla d’activitats i el pressupost anual. Així mateix, aprovar l'informe financer anual, establir les normes de procediment i els criteris de control i auditoria dels projectes.
Comitè Científic
El Comitè Científic està format per 12 membres (6 de països de la UE i 6 dels països Mediterranis que formen part del Partenariat), escollits en base a la seva trajectòria en el camp del diàleg intercultural i a la seva independència governamental o d’interessos financers privats. Els membres del Comitè Científic estan seleccionats pel Consell d'Administració, en base a les propostes dels Estats membres del Partenariat Euromediterrani, intentant garantir una representació equilibrada dels sectors públic i privat i igualtat de gènere.
El Comitè Científic té funcions consultives; és consultat pel Director Executiu per a la preparació del Programa triennal, la proposta de pressupost i per a altres temes relacionats amb la qualitat del treball de la Fundació.
El Director Executiu és el representant legal de la Fundació i és escollit pel Consell d’Administració entre els candidats proposats per la Comissió Europea. El seu mandat és de tres anys, prorrogable a tres anys més.
El Director Executiu representa la Fundació en les relacions externes i manté contacte permanent amb les xarxes estatals. El Director Executiu és responsable d’establir una proposta de Programa triennal, Pla d’activitats i pressupost anual i posteriorment a la seva aprovació, n’assegura la seva implementació. Altres funcions del Director Executiu són dirigir del personal de la Fundació, presentar l’Informe financer anual i assegurar la transparència en els procediments de la Fundació.
Director Executiu actual: Dr. Traugott Schoefthaler